APZI heeft de structuur van een koepelorganisatie, waarbij het evenwicht tussen en het belang van alle betrokken havensectoren gewaarborgd wordt.
De vereniging wordt bestuurd door een raad van bestuur, die bestaat uit 18 leden. De raad is zo samengesteld dat elke belanghebbende bedrijfssector binnen de haven vertegenwoordigd is. Deze wordt verzekerd via de eigen beroepsorganisaties van goederenbehandelaars, rederijen en scheepvaartagenten, expediteurs, weg- en spoorvervoerders en de havengebonden handel, diensten en industrie.
Binnen de raad van bestuur wordt een directiecomité belast met het dagelijkse bestuur van de vereniging. Bij de samenstelling hiervan worden eveneens bepaalde evenwichten in acht genomen.